Mikkelipuiston mallipuutarha-aluetta hallinnoi Mikkelipuistoyhditys ry, joka on vuokrannut keskeisen mallipuutarha-alueen maa-alueet iomistavalta Mikkelin kaupungilta. Mikkelipuistoyhdistykseen jäseninä kuuluvat kaikki mukana Mikkelipuistossa olevat yritykset ja yhteisöt. Mallipuutarhat ovat yritysten suunnittelemia ja rakentamia, osastojen hoidosta vastaa Mikkelipuistoyhdistyksen henkilökunta.

Mikkelipuiston esirakentaminen on alkuperäisen suunnitelman mukaan vaiheistettu vuosille 2004-2012. Mikkelin kaupunki rakennuttaa ensin puiston mallipuutarha-alueen pohjatyöt, jotta yritykset pääsevät suunnittelemaan ja rakentamaan omia mallipuutarhojaan alueelle.

Alkuvaiheen kehittämisen tukena ovat olleet kehittämishankkeet, joita ovat koordinoivat ja hallinnoivat Järvi-Suomen Vihertietokeskus ja ProAgria Etelä-Savo. Parhaillaan käynnissä on "Mkkelipuiston yritysverkoston kehittäminen ja laajentaminen hanke", jota rahoittavat Euroopan Unionin Euroopan Aluekehitysrahasto, Etelä-Savon Maakuntaliitto, Mikkelin kaupunki sekä Mikkelipuistoyhdistys ry. Lisäksi toiminnassa on mukana suuri joukko yrittäjiä ja muita sidosryhmiä.